In der damals reichen Stadt Zittau vertont er zudem Texte des ortsansässigen Rektors Christian Keimann und veröffentlichte jährlich eigene Kompositionen mit Vorworten von Heinrich Schütz und Johann Rist; Beides verhalf ihm zu Ansehen und Wohlstand. Das Lied „Meinen Jesum laß ich nicht“ in der Vertonung von Hammerschmidt steht noch heute in unseren Gesangbüchern.
1633 erhielt Hammerschmidt seine erste Stelle als Organist, auf Schloss Wesenstein bei Graf Rudolf von Bünau. Zwei Jahre später tritt er die Nachfolge von Chr. Schreiber als Organist an der Kirche St. Petri in Freiberg an. Nach dem Tod Schreibers wird Hammerschmidt ein weiteres Mal sein Nachfolger, diesmal an St. Johannis in Zittau, wo er bis zu seinem Lebensende blieb. Nur wenig ist von Andreas Hammerschmidt bekannt, da ein großer Stadtbrand im Jahre 1757 fast alle Quellen über Hammerschmidt vernichtete.
