Geboren im mittelfränkischen Neuendettelsau, studierte Kern bis 1955 Kirchenmusik und Komposition an der Folkwangschule in Essen, u. a. bei Siegfried Reda. Ab 1953 war er Kirchenmusiker in Essen, Duisburg und später in Idar-Oberstein, bevor er 1965 die Tätigkeit als Kantor in Hannover aufnahm. Dort initiierte er die Herrenhäuser Kirchenmusiktage und leitete die Kantorgemeinschaft Hannover. 1982 gründete er das Kammerorchester Herrenhausen, das unter seiner Leitung die Kantoreigemeinschaft begleitete. Weiterhin war Kern an der Landeskirchenmusikschule Herford als Dozent tätig und als ‘Composer in Residence’ am Carthage College (USA).
Mit zahlreichen Rundfunkaufnahmen deutscher und ausländischer Sender, durch Vorträge und vor allem durch seine Konzerttätigkeit als Organist und Dirigent eigener Werke wurde Matthias Kern international bekannt.
