Ewald Kooiman studierte Orgel in Amsterdam bei Piet Kee und in Paris bei Jean Langlais. Daneben war er habilitierter Romanist. An der Freien Universität Amsterdam lehrte er als Professor für Orgelkunst und an der Internationalen Sommerakademie in Haarlem unterrichtete er die Interpretation der Orgelwerke Bachs. Kooiman lehrte als Gastprofessor an Universitäten in mehreren Ländern Europas, in Südafrika und Korea. Kooiman hat das gesamte Orgelwerk Johann Sebastian Bachs zwei Mal an historischen Orgeln auf CD und Schallplatte eingespielt. Eine dritte Gesamteinspielung hatte Kooiman im April 2008 an elsässischen Silbermann-Orgeln begonnen, die zum Zeitpunkt seines Todes zu zwei Dritteln abgeschlossen war. In den Reihen „Incognito Organo“ und „Repro Organo“ hat er mehr als 50 Bände Orgelmusik aus dem 17., 18. und 19. Jahrhundert veröffentlicht.
Weltweit bekannt wurde Kooiman durch seine intensive Beschäftigung mit der Alten Musik, besonders mit der Interpretation der Bachschen Orgelwerke. In zahlreichen Fachveröffentlichungen hat er sich mit authentischer Bach-Interpretation und Quellenforschung zur Orgelmusik befasst.
