Heinz Werner Zimmermann studierte in Heidelberg. Nach seinem Kompositionslehrer-Examen an der Musikhochschule Freiburg beschäftigte er sich mit amerikanischen Spirituals und mit klassischem Jazz. Im Anschluss wurde Werner Zimmermann als Leiter der Berliner Kirchenmusikschule Spandau (von 1963 bis 1976) und als Kompositionslehrer an der Musikhochschule in Frankfurt (von 1975 bis 1996) tätig.
Heinz Werner Zimmermann erhielt unter anderem Musikpreise der Städte Stuttgart und Berlin, 1982 den Johann-Sebastian-Bach-Preis und 2001 den Wittenberg-Award des New Yorker Luther-Instituts. Er erhielt die Ehrendoktorwürde der amerikanischen Wittenberg Universität in Springfield (Ohio) und der Universität Leipzig.
